Protistes et plus spécialement Alveolata

Séquences disponibles dans les bases de données

Extraction de séquences d'après les mots clés.

Séquences d'ARN ribosomiques pour la petite sous unité (SSU rRNA gene sequences)

•  Liste des mots clés 
• Quelle que soit la longueur de la séquence : 16 621 sequences
• La synthèse par taxons
• Tous les n° accession
• 4 163 séquences d'Alveolata
• Pour les séquences de plus de 100 bp : 14 711 sequences.
• La synthèse par taxons
• Tous les n° accession
• Pour les séquences de plus de 500 bp : 11 265 sequences.
• La synthèse par taxons
• Pour les Alveolata (2 568 séquences)
• Tous les n° accession
• Pour les Alveolata (2 568 séquences)
• Pour les séquences de plus de 1000 bp : 7 698 sequences.
• La synthèse par taxons
• Pour les Alveolata (1 874 séquences)
• Tous les n° accession
• Pour les Alveolata (1 874 séquences)
• Pour les séquences de plus de 1500 bp : 5 968 sequences.
• La synthèse par taxons
• Pour les Alveolata (1 707 séquences)
• Tous les n° accession
• Pour les Alveolata (1 707 séquences)
• Pour les séquences de plus de 1700 bp : 4 790 sequences.
• La synthèse par taxons  avec  Localisation dans les océans
• Pour les Alveolata  (1 168 séquences) avec  Localisation dans les océans
• Tous les n° accession
• Pour les Alveolata  (1 168 séquences)
• Les 4 791 séquences d'Alveolata au format fasta
• Les 428 séquences de Dinophyceae alignées
• Les 308 séquences de Ciliphora alignées.
• Analyses des domaines variables

Séquences d'ARN ribosomiques pour la grande sous unité (LSU rRNA gene sequences)

•  Résumés  
• Tous les n° accession pour 6 316 séquences d'Alveolata
• Tous les n° accession pour 4 313 séquences de longueur >=100
• Tous les n° accession pour 3 337 séquences de longueur >=500
• Tous les n° accession pour 966 séquences de longueur >=1 000
• Tous les n° accession pour 325 séquences de longueur >=2 000
• n° accession pour séquences 288 de longueur >=2 500

Séquences d'ARN ribosomiques 5.8S

• Résumés et fichiers de séquences

Séquences d'ITS1 (internal transcribed spacer 1)

• Résumés et fichiers de 1792 séquences

Séquences d'ITS2 (internal transcribed spacer 2)

• Résumés et fichiers de 1347 séquences

Séquences de protéines.

• Page principale

Données bibliographiques sur études de populations (pour les groupes qui nous intéressent).

Phylogénie.

• Placement dans les eucaryotes
• Phylogénie préliminaire (nj sur 85 sequences représentatives, pdf)
• 427 SSU rRNA sequences de Dinophyceae placées dans les Alveolata
• 427 SSU rRNA sequences de Dinophyceae
• NOTE : il reste à faire un gros travail de raffinement des alignements, de définition des bornes pour la phylogénie et de taxonomie ! Mais on a un alignement de référence sur lequel travailler et la possibilité d'incorporer de nouvelles séquences sans partir de zéro.
• Fichier d'alignements 427 séquences au format fasta
• 308 longues séquences de Ciliophora
• Kuvardina Figure 2
• Kuvardina Figure 3

Bibliographie (tentative)

• Phylogénie
• Ecologie
• ...

Listes des espèces.

• Ceratium
• Ceratium
• liste des espèces décrites (ITIS)
• Tintinnides

Usefull links

• TaxBrowser
• The Protist EST database (repository for EST data from protistan eukaryotes).
• Biodiversity Informatics Visualization
• Alveolata sur Palaeos
• Alveolata sur Kenyon
• Ciliophora
• Dinoflagellata
• Apicomplexa
• Integrated Taxonomic Information System (ITIS)
• 5 Sous Classes
• (1711 Biological records for 84 Subordinate taxa)
• 155 genera
• 410 species
  
• Apicomplexa à Berkeley
• Dinoflagellates à U Calgary
• La ménagerie
• photos 1
• photos2

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Ontologies

• Multi Ontology Viewer
• UMLS
• Alveolata
• Ceratium
• Dinoflagellates
• Apicomplexa
• Ciliophora
• Perkinsea

Partners

• John Dolan
• Ecologie Microbienne, Laboratoire Océanographique de Villefranche 
• UMR  7093 CNRS & Université Pierre et Marie Curie

• Laure Guillou
• Plancton Océanique, Adaptation et Diversité en Milieu Marin 
• UMR 7144 CNRS &

• Purificacion Lopez-Garcia
• Diversité, génomique et évolution microbienne, Ecologie, Systématique, Evolution 
• UMR 8079 CNRS &

• Telesphore Sime-Ngando.
• Biodiversité microbienne et fonctionnement des ecosystèmes aquatiques, Laboratoire de Biologie des Protistes.
• UMR 6023 CNRS &

• Richard  Christen
• Laboratoire de Biologie Virtuelle, Centre de Biochimie. Parc Valrose. 06108 Nice.
• UMR 6543 CNRS & Université de Nice Sophia Antipolis.

• François Chevenet
• Evolution des systèmes symbiotiques, Génétique et Evolution des Maladies Infectieuses. 
• UMR 2724 IRD & CNRS