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L'utilisation de BLAST requiert un certain nombre d'étapes :
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La sélection du parfum
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La sélection de la base de données
- Les bases accessibles dépendent du serveur et du parfum choisi.
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Le réglage des paramètres
- On pourra filtrer ou non les parties peu complexes des séquences
- On poura diminiuer W pour augmenter la sensibilité
- On pourra jouer sur la valeur seuil de la E value
- Enfin on pourra choisir le nombre de réponses renvoyées
- Les autres options ne doivent généralement pas être modifiées
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L'entrée de la séquence de départ
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Le lancement du travail
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L'analyse des résultats
Le problème est que selon les serveurs, il faut faire 1,2,... ou bien 2,1,... ou bien indifféremment 1-4,...
Dans cette page nous ne verrons que les étapes 1-5.
L'analyse des résultats est étudiée Page Suivante.
BLAST à Infobiogen, EBI, NCBI
Infobiogen
Sur Infobiogen, on peut faire les étapes dans n'importe quel ordre. Par exemple, en partant du haut de la page.
Choix du parfum
Un menu déroulant permet de choisir le parfum voulu.
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Coller la séquence
On peut soit coller la séquence dans le champ ad hoc, soit
indiquer un numero d'accession pour une séquence publique
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Choix de la Base de séquences à blaster
La c'est peut être un peu plus compliqué que sur les autres serveurs :
- Le choix du parfum ne conditionne pas la liste de choix des bases disponibles
- Il y a un très grand choix de bases générales ou spécifiques...
Ici j'ai choisi l'équivalent de nr sur NCBI et EMBL sur EBI
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Options sur la recherche
On choisit :
- La sensibilité (plus grande = 7)
- Le code génétique utilisé pour les traductions eventuelles
- La matrice de substitutions pour les blast protéiques
- D'appliquer ou non un filtre
- Le nombre de processeurs à utiliser
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Options sur le format de résultats
On choisit le nombre d'alignements et de scores renvoyés :
Terminer
Il ne reste plus qu'a appuyer sur un dex nombreux boutons :  qu'on trouve parsemé sur toute la page. Ils lance le blast, même si ils sont en face d'une phrase comme : "Banque protéique (BLASTP, BLASTX)".
Le formulaire d'attente est alors du style :
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EBI
A EBI, la première étape est le choix du type de base de données
Première étape
La page d'accueil du BLAST à EBI permet d'abord de choisir le type de base de données : Protein, Nucleic Acid ou Vectors.
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Deuxième étape
On peut alors choisir la base de donnée sur laquelle on va blaster
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Troisième étape
On choisit le parfum en fonction de la query sequence qu'on va envoyer :
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Quatrième étape
Il faut ajuster les paramètres et le nombre de d'alignements et de score que renverra la requête :
Ainsi que la mtrice utilisée (pour un blastp) et le choix ou non d'un filtre (non par défaut)
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Cinquième étape
Coller la séquence dans le champ ad hoc
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Dernière étape
Et appuyer sur le bouton, pour lancer le travail et avoir l'écran d'attente :
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NCBI
Au NCBI, la première étape est la
sélection du parfum elle se fait directement sur la page
d'accueil de BLAST:
Les liens sont clicables et ouvrent directement une page avec le parfum et les bases de données accessibles par ce parfum
Première étape
Figure . Choix du parfum de Blast au NCBI : 1ere étape : cliquer sur un hyperlien.
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Deuxième étape.
Supposons que nous ayons choisi : Nucleotide-nucleotide BLAST (blastn) : nous allons blaster une séquence de nucléotides contre une base de nucléotides.
La page qui s'ouvre est alors la suivante :
Une
Liste déroulante permet de choisir la base de séquence
appropriée. nr est la base généraliste non
redondante.
Les bases bases disponibles et ce qu'elles contiennent est décrit ici.
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Troisième étape
Choisir les options. En général, à part
"décocher" l'option "Choose Filter", on pourra garder les
options par défaut.
 NOTE 1 : Il est souvent conseillé de faire un blast avec et un sans le filtre et de comparer.
NOTE 2 : Si on blast une query très courte (oligo, ajuster Word size à 7).
Egalement il faut choisir quelques options du format de retour :
 On
gardera les options par défaut, sauf pour le nombre de
descriptions et d'alignements. Je pense qu'il n'est pas judicieux
d'avoir des valeurs différentes pour les deux champs ((cf mon
poly).
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Quatrième étape
Coller la séquence dans le champ "Search", soit la séquence brute soit la séquence au format fasta.
IL ne reste plus qu'a appuer sur le bouton  pour lancer le travail.
La page suivante montre que le calcul est lancé.
Cette page servira à formatter la sortie et à l'afficher.
Pour l'affichage par défaut, appuyer simplement sur le bouton  . Dès que le résultat est prêt il s'affiche.
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