Documentation blastcl3

1. Introduction

Blastcl3 peut prendre en entrée un fichier fasta contenant plusieurs séquences.

Le résultat du BLAST peut être soit au format ASCII (texte pur) soit html (page web).
On peut chercher

Dans une base de données de séquences ou dans plusieurs (liste des db).
Uniquement pour un organisme donné (option -u)

ATTENTION : blastcl3 fonctionne en ligne de commande : console, pour Windows c'est l'invite de commande, dont l'icone est la suivante :
Si vous êtes derrière un pare-feu, voir le document html ad hoc (firewall.html) qui vient avec l'application.

2. Les commandes de bases

Blastcl3 peut être utilisé pour lancer tous les parfums de BLAST (cf mon cours)..
On peut également utiliser l'option MEGABLAST (-n T), qui diminue le temps calcul, mais réduit la sensibilité.
Voir la liste complète des options pour plus de détails (ou bien taper "'blastcl3 -" a la ligne de commande).

Usage typique.

blastcl3 -p blastn -d nr -i infile -o outfile

BLAST des sequences nucléiques contenues dans le fichier "infile", résultats dans le fichier "outfile", sur la base de données généralistes.
ATTENTION :

Ouvrir la console dans le répertoire de blastcl3
Sous Linux : ./blastcl3 ........
Ne pas fermer la console avant l'obtention des résultats !

Exemple de résultat : infile, outfile (attention gros fichier).

Pour des séquences de protéines :
blastcl3 -p blastp -d nr -i infiel -o outfile

Voir également la combinaison : avec les options -i/-d.

3. Options courantes

-p Program Name

"blastp", "blastn", "blastx", "tblastn", or "tblastx".

-d Database

defaut = nr
multiples bases (deux ici) : -d "nr est". Les résultats sont combinés dans un seul fichier

-i Query File

par défaut : la console

-e Expectation value (entier, décimal, faction : 1/500, exposant : 2e-50)

défaut = 10.0

-o Output File.

defaut =console

-F Filter

defaut = T ; (DUST pour blastn, SEG pour les autres)
sinon = F

-S Pour blast[nx] et tblastx

3 : chercher les deux brins
1 : Chercher uniquement les séquences de infile
2: Chercher uniquement les séquences de infile, inversées complémentées

-T : format du fichier de sortie

F (défaut) : fichier ASCII

T : fichier html

-u limite à un organisme ou un type de molécule :

-u Mus musculus[organism]
-u biomol_mrna[properties]]
-u "nucleotide_all[filter] NOT human[organism]"
-u protease NOT hiv1[organism]
-u 1000:2000[slen] : critère de longueur
-u 10000:100000[mlwt]