Le nommage des espèces bactériennes

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ATTENTION : voir la page anglaise, plus récente, et corrigée d'après des suggestions de Jean Euzéby.

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Introduction.

Avec l'arrivée des méthodes moléculaires, l'identification des micro-organismes (bactéries, virus, champignons et toutes sortes de protistes)  a connu une véritable révolution, en particulier grâce à des analyses de phylogénie moléculaire de séquences ubiquitaires (souvent la petite sous unité de l'ARN ribosomique).
Cette révolution a été particulièrement bénéfique pour les bactéries, car un organisme international vérifie et valide les identifications et les noms attribués.
Il n'en reste pas moins que la situation n'est pas toujours claire :

• Grâce aux analyses de phylogénie, de nombreuses espèces ont changé de nom.
• Les anciens noms sont bien sur toujours présents dans les anciennes publications.
• Certains papiers récents (non écrits par de "vrais" taxonomistes) utilisent un nom ancien.
• Il n'est pas toujours facile de trouver la correspondence entre un nom d'espèce et sa séquence "correcte" (surtout la séquence de la souche type).
• Pour une même espèce on peut disposer de dizaines de séquences, laquelle choisir ?
• Le nom de la souche n'est pas toujours indiqué dans la description de la séquence.
• Certaines séquences sont franchement mauvaises (beaucoup d'erreurs de séquençage).
• Certaines séquences sont très courtes, ou dans le "mauvais sens".
• Enfin, pire, on trouve relativement souvent des erreurs graves d'identification :
• C'est un contaminant qui a été séquencé (pas de vérification par phylogénie !!!).
• La description dit que c'est du 16S rRNA, mais ce n'est pas vrai !!!
• La taxonomie au dessus du genre reste souvent approximative.

Ce qu'il faut savoir :

• Pour qu'une espèce soit décrite de manière "valide" :
• L'espèce doit être isolée et cultivée (avec exception par exemple d'un pathogène intracellulaire comme Mycobacterium tuberculosis).
• Elle doit avoir été bien caractérisée phénotypiquement.
• Son phénotype doit présenter au moins une différence avec une espèce déjà décrite.
• Le nom doit respecter la syntaxe latine.
• Le nom doit avoir été approuvé par le comité ad hoc (automatique si publication dans IJSEM) : International Code of Nomenclature of Bacteria (Lapage et al., 1992).

• Pour chaque espèce, on identifie une "souche type", qui représente le modèle de l'espèce.
• Les autres souches de l'espèce, présentent une grande similarité de génome, qu'on peut identifier par des courbes de dénaturation-renaturation de leur ADN avec celui de la souche type.
• Le résultat obtenu peut varier suivant la méthode.
• Les séquençages complets de plusieurs souches d'une même espèce ont montré que le génome des bactéries est consitué d'une structure en parties conservées (le squelette) et des parties variables (les boucles)  voir le site de l'INRA à ce sujet. Dans ces conditions, on peut se demander si certaines souches avec des grosses boucles ne sont pas exlcues (à tort) de l'espèce.
• Dans certains cas, on décrit des sous-espèces, si ce pourcentage de similarité est à la limite de la règle (ou le phénotype très différent).
• Pour chaque genre bactérien, on identifie également une souche type du genre.
• Le nommage d'une nouvelle espèce (ou un changement de nom) obéit à trois règles :
1. Un article dans un journal qui décrit l'espèce ;
2. La légitimité (la description doit être complète, obéir aux règles établies) ;
3. L'espèce ne doit pas avoir été déjà décrite.

Depuis le 1er Janvier 1980, la priorité est établie par la "APPROVED LISTS OF BACTERIAL NAMES" (Skerman et al., 1980). Cette liste contient actuellement un peu plus de 2000 descriptions.
Les noms qui ne sont pas dans cette liste ne sont pas des noms officiellement reconnus, même si ces bactéries sont dans des collections et très utilisées par exemple dans des processus industriels.
Le Journal "INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY" (IJSEM), publie régulièrement des mises à jour de cette liste, en validant des descriptions parues dans IJSEM ou ailleurs.
Le site de J Euzeby permet une consultation aisée de cette liste sous forme électronique, car Jean Euzeby fait un énorme travail d'intégration des changements de noms au fur et à mesure de leur publications. On trouvera une alternative sur le site de la DSMZ. Voir également le site de la collection Pasteur.