Des
expériences de puces à ADN chez un patient souffrant de
graves troubles de la circulation ont montré une sous expression
du gène NOS3.
Considérant que la technologie des puces ADN pouvait ne pas
être totalement fiable, le laboratoire d'analyse a demandé
à un laboratoire de recherche de confirmer les niveaux
d'expression de l'ARN messager par RT PCR.
Ce laboratoire a donc déterminé deux amorces pour
amplifier l'ARNm de ce gène et de façon très
surprenante a trouvé des niveaux d'expression tout à fait
normaux pour l'ARN de ce gène.
Vous trouverez ci dessous la séquence qui a été obtenue par RT PCR
la séquence se trouve ici
A
chaque fois en expliquant dans une première partie comment et
pourquoi vous utilisez des outils et bases de données ;
Répondez aux questions suivantes :
- Quelle est la fonction connue de NOS3 ? Vous semble-t-il
normal que des troubles de l'expression de NOS3 puissent expliquer la
pathologie observée ?
- De manière générale, quel est le niveau d'expression de ce gène dans les différents tissus ?
- Peut on trouver la ou les voies métaboliques dans lesquelles ce gène est impliqué ?
- Où se trouve localisé ce gènes dans le génome humain ?
- Connait on des orthologues chez d'autres mammifères ?
- Peut on trouver des données de structures sur la protéine ?
- Connait on des agents pharmacologiques ou chimiques interférant avec la fonction de ce gène ?
- Comment expliquer la différence observée entre les
résultats de la puce et les données d'expression ?
- Comment alors expliquer (ou proposer une hypothèse)
faisant le lien entre le phénotype et les observations obtenues ?
NOTES IMPORTANTES.
Indications pour vous aider à répondre aux questions.
- Cette question vise à rassembler rapidement des
informations pertinentes sur la fonction du gène et des produits
pour lesquels il code éventuellement. Il s'agit donc d'une
recherche au sein de bases de données et de documents pertinents
et bien annotés ou référencés.
- Dans une première partie vous indiquerez clairement la
stratégie de recherche, les bases de données et outils
que vous allez utiliser.
- Dans une seconde partie vous ferez un résumé des informations importantes que vous avez obtenues.
- Finalement vous indiquerez si vous pensez que vous avez trouvé les bonnes informations
- Pour trouvez des indications de niveau d'expression, il existe plusieurs méthodes.
- Faites un résumés des méthodes possibles, et indiquez leurs avantages et défauts.
- Indiquez des sites sur lesquels vous pouvez trouver une
synthèse des résultats connus pour un gène
donné.
- Indiquez comment accéder facilement à ces données.
- Que pensez vous des résultats trouvés ?
- Il
existe un site (KEGG au Japon) spécialisé dans les voies
métaboliques ; par ailleurs dans la Gene Ontology on peut
parfois trouver des informations et des liens.
- On va pour répondre à cette question utiliser les sites et browsers de génomes entiers
- Utilisez au moins deux outils, lequels et pourquoi ?
- Que pensez vous des réponses ?
- Quelle est la structure (introns exons) du gène ?
- Connait on des transcripts alternatifs ?
- Pouvez vous facilement comparer le cDNA cloné avec le ou les transcripts prédits ou observés ?
- Que conclure ?
- Cette question ne devrait pas poser de problème.
- Indiquer d'abord comment vous allez procéder.
- Puis donnez les positions dans les génomes pour singe, souris et chien (si possible).
- On veut des données de structure 3D.
- Indiquer d'abord comment retrouver les structures.
- Combien retrouve-t-on de structures ?
- Quels outils utiliser pour visualiser une structure 3D ?
- Quels outils utiliser pour prédire une structure 3D ?
- Pour trouver des indications sur les agents interférants, il existe une base de données dédiée
- Quelle est cette base de données ?
- Indiquer brièvement comment procéder pour trouver les informations recherchées
- Indiquer le ou les liens vers des pages intéressantes trouvées.
- Cette question est sans doute assez difficile pour vous. Je vous conseille pour la résoudre :
- De blaster la séquence de cDNA sur la base EMBL/GenBank,
puis de bien observer le résultat obtenu. D'ailleurs le
résultat de ce blast devrait vous aider grandement à
répondre à une questions de la partie 3.
- De vous reporter aux cours sur les puces à ADN : sur une
puce, on ne greffe souvent qu'un seul rapporteur contenu dans le cDNA,
le choix de l'emplacement de ce rapporteurs dans la séquence du
gène devient alors crucial.
- Un phénotype observé peut être du :
- à un défaut de régulation de l'expression du gène,
- à une mutation dans la séquence du gène,
- à un mauvais épissage du mRNA
- à une modification post-traductionnelle (de la protéine)
- à un réarrangement crhomosomique important.
- Vous avez maintenant tous les élements pour répondre aux questions 6 & 7